萧县中学为副处级单位

校领导机构：校党委、校长室

校二级内设机构：纪委、办公室、教务处、科研处、政教处、总务处

校群团组织：工会、团委

校党委下设六个党支部，教务处下设四个级部，科研处下设十个学科教研组。